哲学学科是华侨大学重点支持发展的学科，2002年确定为国务院侨办重点学科，2005年确定为福建省重点学科，2012年确定为福建省特色重点学科。

在哲学学科建设方面，2010年获得哲学一级学科硕士点，2013年获得哲学一级学科博士后流动站，2018年初获批一级学科博士点，2018年确定为福建省“双一流”建设高原学科。

哲学一级学科硕士点下设马克思主义哲学、西方哲学、中国哲学、科学哲学、宗教学5个二级学科，每年招生20多名硕士生。硕士生导师名单如下（具体招生导师参见当年度公布导师资格名单）：

马克思主义哲学：许斗斗、薛秀军、周世兴、刘荣军、王福民、李志强、陈庆超、罗建平、张世远；

西方哲学：朱彦明、李忠伟、林壮青、常旭旻、魏燕侠；

中国哲学：杨少涵、冯兵、薛子燕；

科学哲学：马雷、王阳、郭荣茂；

宗教学：范正义、张云江、蒋朝君、花威、刘守政；

此外，学院招收港澳台地区、东南亚、日本等国家研究生十余人，与日本、马来西亚等多所学校合作办学，共同招收海外“中华文化（哲学）”硕士研究生。